"La secuenciación genómica nos permite caracterizar las variantes del virus"
Recientemente la Universidad de Antofagasta (UA) comunicó una noticia impensada hasta hace un años atrás y que llena de expectativa a la comunidad científica local. Por primera vez en la zona se pudieron secuenciar variantes del virus SARS-CoV-2, causante de la pandemia. Específicamente, se trata de las variantes Gama, Epsilon y el linaje B.1.1.348.
La doctora Alexandra Galetovíc, quien trabaja en el departamento biomédico de la universidad, ahonda en la importancia de este hito, la forma en que se dio y cómo aporta en las medidas que las autoridades sanitarias toman frente a la emergencia sanitaria.
¿De qué manera se dio la realización de este proyecto?
-Nosotros el año pasado, ganamos un proyecto ANID COVID de asignación rápida de recursos. En ese proyecto propusimos implementar una estrategia de diagnóstico basada en la secuenciación por nanoporos. Es esta tecnología la que se utiliza para la vigilancia genómica y permite el proceso de secuenciamiento. En ese sentido, fue como un paso natural pasar a participar en la secuenciación del genoma completo del virus SARS-CoV-2.
¿En qué consistieron los resultados informados durante esta semana?
-Pudimos secuenciar cinco genomas en base a muestras de la región, específicamente de Antofagasta y Mejillones, las cuales fueron obtenidas gracias a un convenio con el laboratorio de biología molecular del Centro Oncológico Norte. Ellos nos proporcionan muestras positivas y nosotros las seleccionamos en base a ciertos criterios para poder secuenciarlas.
¿Qué significa esto para ustedes?
-Justamente por medio de esa tecnología, la universidad por primera vez pudo secuenciar un material genético. El que se de en el contexto del virus con toda la importancia que tiene esto para la vigilancia genómica, es muy bueno para nosotros. Se trata de un hito en la región, ya que si bien las tecnologías de secuenciamiento se han implementado desde hace años en el país, principalmente se hace en Santiago y en el sur. Entonces, es muy bueno tener esta tecnología en el norte grande.
¿Cómo este proceso aporta a la lucha contra el Covid-19?
-El hecho de poder secuenciar los genomas completos de los virus tiene que ver con el proceso de vigilancia genómica, el cual tiene varias utilidades para la toma de decisiones que hagan las autoridades sanitarias frente a aislamiento y trazabilidad. La secuenciación genómica nos permite detectar y caracterizar las variantes del virus que están circulando en la región. El esfuerzo que han hecho las autoridades por medio del ISP es secuenciar genomas completos de los virus en todo Chile. En la región, se habían secuenciado poco más de 90 muestras desde enero a la fecha, lo que calculo representó el 3% del total nacional, y lo que también es muy poco para tener una idea de cuáles son las variantes que están alrededor
¿Ve viable la detección de variantes regionales?
-El hecho de que aparezcan nuevas variantes es una posibilidad y tiene que ver con la biología del virus. Al replicarse puede cometer errores, lo que genera mutaciones, lo que a la vez puede producir nuevas variantes, las que pueden no tener ningún efecto en torno a gravedad y transmisibilidad, así como también pueden generar una mayor infectividad.
¿Qué es lo que viene a futuro para el proyecto?
-Como laboratorio universitario, participamos del Consorcio de Genomas del Cov-2, que reúne a varias universidades y centros de excelencia preocupados por el estudio del virus. Varios de sus miembros participamos activamente en la mesa de vigilancia junto al ministerio de Ciencias y el de Salud. La idea de estos estudios es que las universidades puedan colaborar en secuenciar o aumentar el número de secuencias a nivel nacional, apoyando lo realizado por el Instituto de Salud Pública (ISP). Desde esa visión, hay una iniciativa lanzada por el ministerio de Ciencias en donde se impulsó la participación de las universidades en vigilancia a través de un plan denominado "aceleración" en donde participa la UA junto a la PUC y la Universidad de Magallanes. Ahí se recibieron aportes de BHP para la realización de 600 secuenciaciones en las 3 universidades. La idea es que participemos y apoyemos con los datos a nivel nacional.
¿Cuál es el próximo paso en la divulgación de los resultados?
-En lo inmediato, viene un proceso de validación al cual debemos someternos tras implementar esta tecnología, y así colaborar con la sumisión de secuencias. Estas fueron sometidas a un banco de datos alemán llamado GISAID, al cual se han enviado millones de secuencias desde el inicio de la pandemia, y el cual está disponible para investigadores e instituciones de salud para el análisis de datos desde este punto de vista.
"Se trata de un hito en la región, ya que si bien las tecnologías de secuenciamiento se han implementado desde hace años en el país, principalmente se hace en Santiago y en el sur".
Dra. Alexandra Galetovíc, investigadora UA